科研的成果一般都会以学术论文形式发表出来，科研的辛苦工作后，导师看到你的数据，没准就会和你说：「可以投稿了」。那时，第一篇论文即将诞生的欣喜应该会充斥在你心中。且慢，做完实验才是论文的第一步，写作部分更是关键。转头看你会发现，很多时候，写作与修改的时间远长于论文实验部分。毕竟，用有限的字数精干地总结学术成果是很难的。
虽然几乎所有大学生都在期未作业时写过不少各式各样的课程论文（essay），不过，大部分人对发表学术论文（peer reviewed journal article）并不了解。这两者虽然有着相似的结构，一样的「折磨」，但难度完全不同。学术论文写作在国外大多有专门的课程，更不要说外国人的母语就是英文，因此，对国内学子来说，写好论文，尤其是英文论文极为费劲。但任何写作都有规律性。只要了解其中结构就可以很好的掌握，之后常加以练习即可。正如我朋友说：「当你写到第十篇论文时候，就不会觉得困感了」。
完成一篇学术论文需要哪些准备
动手写学术论文之前，你应该确保自己做好了万全的准备。当你的科研进展到收集完数据并且做完初步分析后（写作过程中你会反复使用新方法分析），你应该就对论文写作有了充足的准备。
此时，你不仅手握优秀的数据，还有一套的科研理论柜架以及实验设计，这意味着你已经有了学术论文的基础准备：有什么科学问题（理论框架），如何回答这个问题（实验设计），以及实验对科研假设的回答（数据）。
接下来，你需要用一定方法把他们串联起来。不过，动笔之前请做好以下的准备：
导师许可的工作规划
在开始撰写论文之前，你需要和导师单独有一次会面。
每位导师的写作风格都不同，比如我的导师希望学生按照章节写论文给她，有些导师则希望完整版直接交付，甚至有些导师会让学生把数据给自己，然后ta亲自写。每个师门的风格大相径庭，风格不甚相同。每种写作风格背后就是一种不同的工作流程。
趁手的设备与安静的环境
准备万全后，你还需要一台趁手的电脑以及安静的环境，然后就可以开始工作了。
关于论文在哪里写效率最高的问题，有人喜欢在办公室，有人喜欢在图书馆，我个人则绝大多数论文都是在自己卧室里写的。每个人风格不同，没有一定的说，但一定要注意保证良好的写作硬件环境。
首先，倘若没有足够好的电脑和屏幕，写作过程中会非常痛苦，对视力影响很大。而没有合适的桌椅和键盘，打字多了之后，鞘炎可能会缠上你的手，一旦发作很可能一周都没法打字，我本人读博时至少两次去看过手的问题。
因此，在设备层面进行准备可以让你免于不少烦恼，望大家小心。
当你正式开始动笔后，同样有一些可以让你事半功倍的注意事项：
安排好作息时间
第一次论文初稿怎么着都需要一个月才能完成，压力可想而知。所以有人说过，科研不是比智力的地方（能做科研的智力都过关了），而是比体力和毅力的地方。
想想西湖大学校长施一公参加马拉松比赛也是如此，倘若身体不过关，没法扛住长期的论文写作。
时刻牢记：保存和备份
多多保存和备份是任何科研工作者的必须挂在心上的，我现在最熟恶的电脑组合键就是保存。你不仅需要很好的保存你的草稿，还需要保存和备份所有的数据、分析代码、讨论论文的往来等。
电脑死机如今虽然越来越少见，但也不是不会出现的事情。你的存档甚至不应该只有自己电脑上，还得在其他平台存档。比如我的文档会在自己的电脑、云存储以及邮箱（自己发给自己）三处保存。
实验数据、程序代码也是如此，多保存肯定没问题。有能力的同学还可以组NAS或者磁盘阵列来更好地保存任何数据。倘若你能找到合适的软件会很简单。
学术论文的类型与格式
学术论文都有着一定的规范。它的规范是为了更加高效地进行学术交流，而非依样照搬的「八股文」，但具体到每个领域和每个期刊上，论文的格式都有着细微的不同。同样是顶尖科研期刊，《自然》和《科学》的论文就和PNAS的论文有着格式不同，甚至同样在《科学》上，Research Article和Reports两种类型的论文都存在不同的细节。
学术论文常见的无非是所谓research article（获义的论文，全长论文）、breifreport（communication等等所谓的短文）以及review（综述）。如果你是第一次写论文，基本没有导师会把综述重担交在你身上，你一般会遇到的类型会是全长论文或者短文，这两种论文格式大致相同。
不过，不同的期刊对格式要求区别很大，需要在投稿前查阅期刊的说明。
大致来说，有些期刊（比如PNAS）需要把方法放在文章最后，而开篇的引言非常短暂，需要马上引出结果（results）部分，然后承接讨论（discussion）。而不少期刊还是遵守了传统的论文格式：从引言到方法，到结果再讨论。
这些差异看似只是把不同内容组建闪转加腾挪位置，但由于组合位置不同，写作方法也完全不同。比如PNAS这样的论文，开头部分不是严格的引言，而需要以写讨论的方式来写，一些短文通信（letter，communication）中尤其如此。
所以，最好的方法是翻看你们领域在目标期刊上的发表，仔细剖析其他人在每一段都表述了什么意思。
无论论文如何结构变化，摘要部分都是论文的初始。如何写好摘要有着很大难点，核心就是要用有限字数（一股会限制150字或250字）介绍研究的上层问题（一句），以及本研究的具体问题（一句到两句），之后介绍本研究的大致方法（一句），以及暂述实验结果（一句）。最后，总结实验结果（一句）以及展开实验意义（一句话）。
除此之外，你也要准确的写好致谢（acknowledgement）部分和作者分工(authors Jcontribution，一些期刊强制）部分。前者一定要注意写对经费支持的所有细节，后者需要详述每个人的具体分工。
最后，千万别忘了小心引用格式，一定不要嫌麻烦，学会引用管理软件（如endnote）。用这些软件可以直接按照期刊要求调整所有格式，毕竞「人工的越少，犯错的越少」，不妨把工作交给机器。
初稿与投稿：一切的第一步
一般来说，你的初稿毫无疑问会被导师「毙」掉。接着，导师可能会找你开会，反复告诉你修改那些地方，文或者是亲自下手修改，留下密密麻麻的批注，视不同导师的风格而定，只要扛住这段时间压力，修改个十次八次就能过了初稿这一关。
不少同学会在第一次看到密密麻麻的修改批注后觉得自己不行，其实大可不必。有一千个读者就有一千个哈姆富特，同样的数据和结论，你和你的导师可能有完全不同的思路和闻述方式，因此，ta的写论文的思路和观点必然与你会有区別，听通讯作者的话修改就好。
待论文稿件准备妥当，你就可以开始准备投稿事宜了。但投稿可不是发个邮件那么轻松，投稿的那几天可能会比写论文还要折腾。
如何选择投稿的期刊
投稿得看期刊。其实，大多数情况下，论文定稿是在期刊选择之后的，因为不同期刊有不同的稿件要求，而选择期刊大多需要导师拍板。
一位经验丰富的导师在看到的你的数据后，就会根据数据的意义和大致的贡献判断出来投稿的期刊档次区间，然后让你从其中最好的期刊开始尝试。
尚若导师对这需论文领域也没有很好掌捏时，可以从以下两个思路选择期刊：
第一，从这篇论文所探究的小领域发的较多的期刊开始入手，在拓展新领域时候，总有一些导师不知道的东西，按照别人发表的地方来办肯定没错。
第二，按照研究的大领域的传统期刊开始投，再新的领域也是来自于传统的领域，按照经典期刊起步也不是坏事。
做好投稿的准备
倘若一切准备妥当，你需要在该期刊的系统注册，然后开始投稿步骤，比如完善资料和上传文档，基本按部就班就不会有任何疑问。
除此之外，有三件事可能是你不熟悉的：
Coverletter
选择编辑
推荐审稿人
Coverletter是交给处理稿件的编辑看的。编辑在选择审稿前，会看你的论文题目、作者、摘要以及这一份coverletter，所以coverletter的写作极为重要，核心就是用一面纸阐述为什么你的论文值得被审稿和接收，所以一定要讲故事。实验室一般都有传统，照搬即可。
选择编辑一样重要。期刊会列出现在能主持审稿的编辑们。一定切记，审稿通过与否是编辑决定的，审稿人只提供意见。所以，一位熟识你的领域、认可你方法的编辑会对论文发表助力许多。当你不熟悉时候，请把所有编辑的信息查一通，你会看到他们的名字、学校，进入主页，阅读ta的领域，略读一下他们的论文，你自然会清楚找谁比较合适。
由于科研问题繁杂，很可能你找不到完全和你论文内容吻合的编辑，不过你依然可以找到最接近的编辑。
最后就是推荐审稿人。具体是推荐几位审稿人，以及建议避开几位审稿人。这时候你的导师就该出马给出意见，总之推荐你们领域的权威总不是坏事，然后避开对你们不友好的人即可。
切记，这都需要你的导师最终拍板，谁让他「认识」的研究者比你多呢？这就是「学术社交」的重要性了。
审稿意见与返修：发表的一大步
除了牛到不能再牛的学术大牛之外，基本没人能说投稿就被接收。绝大多数人得要有几轮审稿才能有机会。所以，排除掉直接被接收的可能性，你会得到以下三种建议：
拒稿意味着你的稿件无法在这个期刊进一步审稿，也意味着你的论文可能够不上这个档次的期刊。不过也出现过投稿Neuron不中，反而中Nature的例子，毕竟这两个期刊虽然档次有差距，但口径不同，极好的故事换个写法还有机会，但绝大多数情况下是不大可能的。
此时，你需要在一次修改论文，换期刊投稿。
拒稿分为两种，直接未审稿的拒稿会很快，但是基本得不到意见，因为你连编辑送审的一关都没过；另一种是第一次审稿意见后被拒稿，虽然一样难过还得花费几个月的时间，但是这样的拒稿能给你带来完整的审稿意见，也算是可以参考着修改。
大修（major revision）以及 reject and resubmit
一般情况下，只要没有直接拒稿，大多数情况都是大修，大修也分为两种，传统的 Major Revision 以及发变多的 Reject and Resubmit。
前者意思好懂，后者其实就是扭扭捏捏一个意思：告诉你稿荐有问题，但是欢迎修改后再投。其实这种情况是由于有些期刊想维持较高的拒稿率（显得牛）以及较快的发表速度（这一轮审稿因此不算在审稿-发表时间内，只能说太会了！），所以把大修先拒稿，然后让你按照要求修改后再投稿。
此时，无论你喜欢与否，你都得接受绝大多数审稿人的意见，尤其是编辑强调的。别忘记，编辑才是那个决定你稿件接收与否的人。
和导师好好商量后，你会发现3个月根本改不过来，尤其是需要补充实验的情况。倘若你的修改不能满足他们的要求，很可能会直接变成拒稿，因此完整清断地修改以及一份逐字逐句的审稿意见回复是必须的，「说服」他们你回答了他们所有的疑感！
小修（minor revision）以及 acceptable with major/minor revision
如果你得到了这样的回复，恭喜！能直接获得小修是很难的，一般都是在大修后变成小修。小修距发表基本只差一步之遥，接收就在眼前。
此时，你依旧需要做一样的认真修改，同时现在更需要的是小心回复意见，尤其是尖锐的意见。有时候你不需要完全认可对方的观点，可以把这部分放入讨论，甚至留在未来研究建议（future direction）中。
显然小修是最好的结果，大修是较常见的结果，拒稿时更常见但最难过的结果。
不过这都是论文的必经之路。
发表后的工作
如果你到了这一步，说明你终手收到了接收的邮件，恭喜你！不过你的工作并没有结束。
（矢量图）以及数据。同时，在完成最后提交后，一般在一两周内收到预览稿件，你会需要或者被要求修改和提供更多信息。
相信我，国外的执行编辑们可能会搞不清楚你的国家和城市，拼错你的名字，写错你的单位（是的，三件事我全遇到过），在修改图片时也可能搞错信息，你需要反复通读，找到每一处细节问题，把你已经改到吐的论文再看四五遍才行。
保证完美无误后，你的提交工作终于结束了。
接着，你需要整理经验和结果，投入下一项研究之中。
你应该归档所有文件：
数据：
代码：
所有修改的稿件。
以上文件按照批次排列。你需要总结修改和数据处理的经验，甚至记住哪些编辑，哪些审稿人可能更友善，相信我，你读了意见就肯定知道是谁了，毕竟你未来的研究就基于这些成果，你的下一步研究应该顺着研究成果的枝干发展，也可以因此避开之前的弯路。
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